Przygotowanie pomieszczenia do ozonowania obejmuje przede wszystkim usunięcie wszelkich elementów, które mogą ulec uszkodzeniu pod wpływem silnego działania utleniającego. Z wnętrza należy wynieść rośliny, żywność oraz przedmioty wrażliwe na kontakt z gazem. Sprzęt elektroniczny, a także elementy gumowe i uszczelnienia powinny zostać dokładnie zabezpieczone przed działaniem ozonu.
W trakcie procesu istotne jest ograniczenie wymiany powietrza z otoczeniem. Okna muszą pozostać zamknięte, a systemy wentylacyjne odpowiednio uszczelnione, ponieważ nawet niewielki przepływ powietrza może obniżyć skuteczność zabiegu.
Ozonowanie może być prowadzone wyłącznie w pustych pomieszczeniach — bez obecności ludzi i zwierząt — ze względu na właściwości drażniące oraz wysoką reaktywność gazu.
Po zakończeniu pracy urządzenia powrót do lokalu powinien być uzależniony od rzeczywistych pomiarów stężenia ozonu, a nie od samego wywietrzenia czy upływu czasu. Dopiero uzyskanie bezpiecznych wartości potwierdzonych pomiarem pozwala na ponowne użytkowanie przestrzeni. Wymagane jest przy tym intensywne wietrzenie zgodne z procedurą techniczną stosowaną przy tego typu zabiegach.
